Місцевий природний ландшафт відрізняється значною різноманітністю. На його формування вплинуло розташування Японії на великому архіпелазі з безліччю стратовулканів. 10% світової вулканічної активності і до півтора тисяч землетрусів на рік в 4-6 балів – все це місцеві реалії. А коливання грунту з меншою магнітудою в різних регіонах і зовсім щоденне явище: населення на періодичні здригування будівель навіть не реагує.
Флора Японських островів відрізняється не меншою строкатістю. На півночі ростуть дерева хвойних порід. У центрі і півдні є, відповідно, змішані та субтропічні ліси. Всього в країні понад 2700 видів різних рослин, з яких 168 – тільки дерев. Найвідоміше дерево Японії – це, звичайно, сакура. Лісовими масивами, а також чагарниковими зонами і гірськими вершинами зайнято дві третини території архіпелагу. Тут часті зсуви і тайфуни, не кажучи про землетруси, що зробило ці території непридатними ні для проживання, ні для сільськогосподарської та промислової діяльності.
Фауна Японії представлена бурим ведмедем, горностаєм, соболем, ласкою – вони зустрічаються на острові Хоккайдо. На Хонсю привільно себе почувають лисиця, вовк, заєць, єнотовидний собака, борсук, видра. Тут і на південних островах мешкає чорний ведмідь, антилопа, японська макака і навіть велетенська саламандра. З птахів виділимо дятла і синицю, ластівку і лелеки, тетерева і яструба, орла і сову, дрозда і журавля.
Найбільші озера і ріки Японії, де зустрічаються сом, короп, мінога, вугор, розташовані на великих островах. Із-за особливостей місцевого ландшафту русла річок не дуже протяжні, ледь перевищують 200 км. найдовша річка країни – Сінано, що несе свої води на острові Хонсю. Друга за довжиною – Тонегава: активно використовується для судноплавства і рибного промислу. Тут же влаштовуються першості з рафтингу – спортивні сплави по гірських річках. А водною артерією Хоккайдо є Ісікарі, що бере початок в горах. З озер найбільша в Японії – Біва; його площа – 640 км2. Багато прісних водойм – Асі, Сінано та інші – утворилися в кратерах сплячих вулканів. У прибережній зоні є солоні озера. Наприклад, Касумігаура – друге за величиною в країні.
Хоча Японія – країна невелика, у неї є цілих шість кліматичних зон. Температурний режим коливається від досить прохолодного на півночі (острів Хоккайдо) до субтропічного в південних регіонах (острови Рюкю, Бонінські острови). Кліматичні показники прямо залежать від сезонних переміщень атмосферного повітря. Так, взимку з боку Японського моря дме північно-східний вітер, який приганяє хмари з усіма витікаючими наслідками – сильними снігопадами.
Сезонні вітри визначають погоду та в зоні Тихого океану. Для цієї місцевості характерні рідкісні снігопади, але холодні зими. Літо зазвичай вологе і жарке завдяки впливу сезонного південно-східного вітру. На крайньому південно-заході, як вже було зазначено, панує субтропічний клімат. Зима тут тепла, а літо спекотне. Спостерігається високий рівень опадів, і навіть є свій сезон дощів. Часті тайфуни.
Погода — дуже популярна, невичерпна тема для розмов протягом усього року, особливо дощ, прихід якого в більшості випадків непередбачуваний. З цієї причини міцна складана парасолька — неодмінний предмет екіпіровки всякого освіченого мандрівника по Японії. Якщо, не маючи парасольки, потрапите під проливний дощ, сховайтеся в найближчому магазинчику.